毛细管电泳技术具有高效、快速、成本低、应用模式多等显著优势，因此被广泛地应用于生物、化学、医药行业的科学研究及工业生产中。毛细管电泳技术的分离范围覆盖了从离子、化合物等小分子，到蛋白、核酸、糖类等大分子甚至细胞和病毒等。尤其在离子、碱性药物、蛋白等极性化合物的分离中，更显示出特别的优势。毛细管电泳技术正在逐渐替代传统平板凝胶电泳技术，弥补了高压液相色谱技术的不足、成为高效液相色谱的有力补充。毛细管电泳技术与其它技术如激光诱导荧光检测技术、免疫分析技术、多级串联质谱、电化学检测技术等的联用也日趋活跃。

工作环境：电压50/60Hz）；湿度95%（无冷凝条件）；环境温度5-40℃。 工作电压范围：0-30 kv，0.1 kv可调。 工作电流范围：3-300 A，0.1 A可调。 电泳分离模式：恒电压/梯度电压；恒电流/梯度电流；恒功率/梯度功率；可同时施加压力；程序控制切换极性。 最大冲洗压力：100 psi； 进样压力：-25 psi -25psi。 扫描频率：0.5-32Hz（可调）； 数据采集速率：0.5-32Hz。 进样系统配置：X96孔盘、2X48个2ml、0.5ml或者PCR管等。 样品温控范围：4-60℃。 毛细管采用制冷剂冷却，温控范围：15-60 ℃（室内环境温度25℃），精度0.1 ℃。 原始数据通道：检测器信号、电压、电流、功率、压力和温度（毛细管和样品）。 系统控制：时间编程所有参数。 具有漏电检测保护系统。 紫外可见检测器：配置波长于190-600nm范围内可选，精度2nm，光纤传输。 二极管阵列检测器波长范围190-600nm，精度1nm，可采集全光谱或随机获取任一波长下的信号。 激光诱导荧光检测器： RFU范围0-1000RFU，能量范围104,灵敏度1X10-11M，基线噪声：0.005RFU（峰间），基线漂移＜0.2RFU/Hr，激发波长300-700nm，发射波长350-750nm。 通用型质谱接口：能与2台以上质谱仪实现完美对接，从而为后续研究提供更多的化学分析通道。 外置冻干纯化保存系统具有预冻功能。

(1) 环境、食品和工业中的离子分析
与离子色谱技术相比，毛细管电泳技术应用于阴阳离子的分离，具有速度快、效率高、对样品的抗干扰能力强等特点。因此特别适合于复杂样品，如电镀工业、环境废水、食品饮料中阴阳离子及有机酸的定量分析。
(2) 手性药物的拆分
大部分的天然产物及合成药物都属于手性对映体，因此手性药物拆分及纯度分析是药物生产的重要环节。将高磺化环糊精等手性拆分剂添加到电泳缓冲液中，可以实现大部分手性对映体的快速分离和定量。由于毛细管电泳方法分离效率高、速度快、成本低，已被药典收录，在众多制药公司中用于手性药物的纯度检测。
(3) PTA工业杂质测定
毛细管电泳方法分离效率高、抗干扰能力强、成本低、简单快速，已经成为工业用粗、精对苯二甲酸（PTA）纯度检测的标准方法，对其中的对羧基苯甲醛（4-CBA）和对甲基苯甲酸（p-Tol）等杂质进行高灵敏的定量检测。
参见中华人民共和国石油化工行业标准：工业用精对苯二甲酸（PTA）中对羧基苯甲醛（4-CBA）和对甲基苯甲酸（p-Tol）含量的测定（SH/T 1687-2000）。
(4) 核酸的分离分析
目前核酸分析及基因分析大都采用毛细管电泳的方法，这是因为毛细管电泳与传统的平板凝胶电泳相比具有高分辨率、高速度、高自动化的优势。毛细管电泳可以对单链、双链核酸进行片段分离和定性定量检测。用于反义核酸药物、引物的质量控制；PCR产物及其他dsDNA的纯度分析；基因疫苗的成分分析；蛋白质-DNA相互作用测定以及核酸适配体的筛选。结合激光诱导荧光检测器和染料嵌合，可以直接对各种核酸进行高灵敏度的快速分离检测。

【一般化合物（非生物大分子），蛋白质，金属离子】